При запуске модели уравнения собираются в главную систему дифференциальных уравнений. Во время моделирования эта СДУ решается одним из встроенных в AnyLogic численных методов. AnyLogic поддерживает большое количество численных методов для решения дифференциальных, алгебраических и смешанных систем уравнений.
Вы можете использовать те методы, которые на Ваш взгляд будут более точно решать уравнения и соответствеено дадут более точные результаты. Выбрать методы, которые будут использоваться для решения систем уравнений, в группе свойств Численные методы страницы Дополнительные панели свойств эксперимента:

Дифференциальные уравнения – метод, используемый для решения дифференциальных уравнений первого порядка.
Алгебраические уравнения – метод, используемый для решения алгебраических уравнений.
Смешанные уравнения – метод, используемый для решения смешанных дифференциально-алгебраических уравнений.
Вы можете настроить параметры численных методов, используемых для решения уравнений, в разделе Точности страницы Дополнительные панели свойств эксперимента: