Окно презентации автоматически отображается при запуске эксперимента модели. Изначально оно показывает презентацию запущенного эксперимента. В этот момент модель еще не создана и создан только сам эксперимент. Но Вы уже можете инициализировать параметры модели, если Вы заблаговременнно добавили на презентацию эксперимента элементы управления и связали их с параметрами, как описано здесь.
Когда Вы запустите модель с помощью кнопки Запустить модель и открыть презентацию класса..., модель будет создана и запущена.
Окно презентации отображает презентацию либо эксперимента, либо одного из активных объектов запущенной модели. На презентации будут видны все элементы, в свойствах которых Вами были установлены флажки На презентации. Поскольку Вы можете связать визуальные свойства фигур презентации и значков активных объектов с данными модели, Вы можете создавать анимации активных объектов, которые будут отражать их текущее состояние.

Окно презентации
Панель управления окна презентации содержит секции с различными командами, позволяющими управлять выполнением модели, отрисовкой презентации, сохранять и загружать состояние модели из файла, осуществлять быструю навигацию по объкектам модели, показывая в окне презентацию нужного Вам объекта и т.д.
Панель состояния содержит секции, отображающие различную информацию о текущем состоянии процесса выполнения эксперимента.
Панель управления находится в верхней части окна презентации, а панель состояния - в нижней. Вы можете управлять видимостью секций панели управленяи и панели состояния, отображая только те секции, которые содержат информацию или команды, необходимые Вам для работы.